<div dir="ltr">Dear maker team,<div><br></div><div>I am annotating a small fungal genome (~30Mb) and I have several questions as I move forward. My plan is to do:</div><div>1. custom repeat library</div><div>2. evidence-based maker (custom repeat library, repbase fungi database, te_proteins.fa, ESTs from a somewhat related organism, proteome from related organisms, transcripts from the same species)</div><div>3. train snap</div><div>4. maker run</div><div>5. re train snap (if it improves the models)</div><div>6. maker run</div><div>7. train Augustus</div><div>8. maker run</div><div>9. retrain augustus, if necessary</div><div>10. maker run</div><div>11. genemark</div><div>12. final maker run</div><div><br></div><div>My questions are:</div><div><br></div><div>a. Do I have to run RepeatMasker at every maker iteration?</div><div>b. Since I am dealing with a fungal genome, is it wise to change the maker_opts.ctl with singe_exon=1, keep_phreds=1, correct_es_fusion=1? </div><div>c. If so, should I keep those parameters in every maker iteration?</div><div><br></div><div>Thank you so much for your help!</div><div><br></div><div>Linnie</div></div>