<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Maker team,<div><br></div><div>I am analyzing a number of genomes in a cluster. I had previously installed RepeatMasker and RepeatModeler independently without problem in order to obtain the repeat libraries that are required by maker. This installation runs perfectly.  </div><div>However, when I install maker, it does not recognize that a successful installation of RepeatMasker is already available. How can tell maker where RepeatMasker is already located? </div><div><br></div><div>I have alternatively tried to install RepeatMasker from within maker and then try to run maker. But it gives me the following error:</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Unrecognized character \x7F; marked by <-- HERE after <-- HERE near column 1 at /data1/home/maker/exe/RepeatMasker/TRF.pm line 1.</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Compilation failed in require at /data1/home/maker/exe/RepeatMasker/RepeatMasker line 339.</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">BEGIN failed--compilation aborted at /data1/home/maker/exe/RepeatMasker/RepeatMasker line 339.</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: RepeatMasker failed</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">--> rank=NA, hostname=loma</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: Failed while doing repeat masking</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">FAILED CONTIG:NQYS01000001.1</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0);min-height:13px"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">FAILED CONTIG:NQYS01000001.1</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0);min-height:13px"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">examining contents of the fasta file and run log</span></p></div><div><br></div><div>As a last option, I think I could run RepeatMasker with the installation I already have and then pass its .gff file to maker. In this case, which parameters should I pass in the maker_opts.ctl file? </div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you so much for all your help (and Happy New Year to everyone!)</div><div>L. </div></div></div></div>