<div dir="rtl"><div style="direction:ltr">Hello,<div><br><div>I am working on a computational pipeline which involves genome annotation. Based on helpful advice I got in this mailing list before, I make two consecutive runs: the first is a liftover run with est2genome=1 and no ab-initio prediction, while the second run takes liftover results and adds ab-initio predictions, supported by protein and transcript evidence.</div><div>In both runs, I get results which I find confusing regarding alternative splice variants prediction, but the behavior is different in each run.</div><div><br><div>In the liftover run, I use est2genome=1, alt_splice=1 and no ab-initio preduction.</div><div>The resulting gff indicates many overlapping genes, coming from ESTs (transcripts actually) of different splice products of the same gene. Of course MAKER has no way to know that, but I was expecting that since the genes are highly overlapping, they will be grouped together as different mRNA features under the same gene.</div><div>In the second run, I use est2genome=0,  alt_splice=1 and Augustus for gene prediction. Results of the liftover run are provided to the pred_gff parameter. In this case, it seems that overlapping genes are squished together, so I only get one gene with one mRNA.</div><div>Please find attached maker_opts.ctl files for both runs, and GFF files demonstrating the issue (one gene example).</div><div><br></div><div>Could anyone please explain how this works? Why is the behavior different between the runs? Any way to get MAKER to behave the way I expected?</div><div><br></div><div>Thanks a lot!</div><div>Lior</div></div></div></div></div>