
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<head>

<title></title>

</head>

<body>

<div name="messageBodySection">

<div dir="auto">It uses a transcript alignment approach (blast and exonerate) which are optimized for long est to Genome alignments. 

<div dir="auto">You can build transcripts first by running trinity to assemble the RNAseq reads. </div>

</div>

</div>

<div name="messageReplySection">On Feb 20, 2020, 1:42 PM -0800, Soomro, Tayab (AAFC/AAC) <tayab.soomro@canada.ca>, wrote:<br />

<blockquote type="cite" class="spark_quote" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #1abc9c;">I am wondering why it is required for the RNA-Seq data to be assembled when passed to Maker and what would happen if I pass non-assembled Illumina RNA-Seq data.<br />

<br />

<br />

_______________________________________________<br />

maker-devel mailing list<br />

maker-devel@yandell-lab.org<br />

http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org<br /></blockquote>

</div>

</body>

</html>