<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Hi Carson,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">I recently completed one round of Maker annotation successfully thanks to your expert advise on resetting MPI parameters. Because earlier tests (prior to this successful run) indicated that other dependency programs might <i>also</i> be contributing to failed Maker jobs, this first successful run consisted entirely of GFF data as input for the est, altest, and protein evidence, as well as using a custom rm_gff file for complex repeats (I was following the strategy posted in an earlier thread in this forum (<a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/patU-l_TQUM" target="_blank">https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/patU-l_TQUM</a>).</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">The good news is that using GFF files only will get the job to finish, the bad news is that if I try to input the original fasta files instead of the resulting GFF's for the evidence data, Maker gets <i>close</i> but fails to finish the job at the stage where (I think) the per-scaffold chunks of "evidence_*.gff", "scaffold*.*.pred.raw.section", and "scaffold*.*.final.section" is collapsed into a set of "scaffold*.gff", "scaffold*.maker.transcripts.fasta" and "scaffold*.maker.proteins.fasta" files. The behavior is not entirely consistent across all scaffolds: most scaffolds in fact produce finished files (the "scaffold*.gff", "transcripts.fasta", etc.), however the majority of the failed scaffolds are the longest ones (though at least a handful of longer scaffolds <i>do finish</i>!). <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">The initial error in the run.log.child.* files in these failed scaffolds aren't always the same. Here's a few:<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">```</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">DIED    RANK    4:6:0:4<br>DIED    RANK    5:6:0:4</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">DIED    RANK    6:6:0:53</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">```</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">The second error is always:<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">```<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">DIED    COUNT   1</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">```<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">You can view the .log file here: <a href="https://osf.io/4wn6h/download">https://osf.io/4wn6h/download</a>. I've attached the .opts file to this message. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Maybe again there is something about our MPI parameters that are not optimized for these jobs. I could certainly re-run the same data through a machine without MPI at this point because all the jobs are basically completed (no more blasting or repeat masking is needed). Thus I think the question is - should I just restart the run without MPI and see if it finishes? Or perhaps, there are alternative Maker scripts to try testing directly (even on a single scaffold subdirectory) to see if these instances where Maker doesn't quite finish <i>would</i> finish otherwise?</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Thank you once more for your help with troubleshooting,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Devon<br></div><div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font face="tahoma, sans-serif">Devon O'Rourke</font></div><div><font face="tahoma, sans-serif">Postdoctoral researcher, Northern Arizona University</font></div><font face="tahoma, sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Lab of Jeffrey T. Foster - </span></font><a href="https://fozlab.weebly.com/" target="_blank">https://fozlab.weebly.com/</a><br><div><span style="font-size:12.8px">twitter: @thesciencedork<br></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>