
<!DOCTYPE html><html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /></head><body><div data-html-editor-font-wrapper="true" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px;">Hello.<br>I'have recently got a new genome assembly using PacBio of oomycete Aphanomyces. <br>I used MAKER in the manner as described here <a rel="external nofollow noopener noreferrer" target="_blank" tabindex="-1" href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/new%2420assembly%7Csort:date/maker-devel/Xo5YbWgNwFw/KstkmXYYAgAJ">https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/new$20assembly%7Csort:date/maker-devel/Xo5YbWgNwFw/KstkmXYYAgAJ</a><br><br>After first run I got the number of transcripts slightly higher than were in gff file of previous version of genome. Then I run the second MAKER with new gff file in option pred_gff + augustus trained for my species. As a result I got only half of the transcripts from initial gff.<br><br>Is there something that I could overlook running MAKER? Attached is control file of the last run.<br><br>Thank you in advance.<br>Andrei<br><signature></signature> </div></body></html>