<div dir="rtl"><div style="" dir="ltr">Hello,</div><div style="" dir="ltr">I am using MAKER to annotate a plant genome assembly. A high-quality reference genome and annotation exists for another variety of the same species, so my first step is lifting over reference genes to my genome. I do this by setting est2genome = 1 and providing MAKER with the reference cDNA (transcriptome). No other evidence is provided and no prediction is performed. Repeat masking is done using the reference repeats library.</div><div style="" dir="ltr">When checking the results, I found out lots of reference genes missing from the lift-over result. However, if I blast the sequences of these genes myself, I get good matches. I even see these matches when I look at the blast results buried in the MAKER data_store.</div><div style="" dir="ltr">For example, a transcript of length 1077 got a match of length 855 - 100% identity and no gaps. Bitscore was 1709 and E-value 0. This looks like a pretty good match, but it is not found in the final MAKER results (gff/fasta).</div><div style="" dir="ltr">Why is this happening? Are there some cutoffs that are not satisfied? If so, what are they and how can they be configured?</div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">Thanks,</div><div style="" dir="ltr">Lior</div></div>