<div dir="ltr"><div>Hi Ricardo,</div><div>it is likely that you are not providing enough evidences to train SNAP (or even none at all). When you run maker2zff, the defaults may not give any output if you don't have any EST at all. Check maker2zff -h for the evidence filtering options to create the model. In worst case, you'll need to run maker2zff -n which doesn't filter the evidences at all. I also suggest to search about this on the mailing list as it has come up many times.</div><div>Cheers,</div><div>Xabi<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, 25 Apr 2020 at 02:46, Ricardo Nuno Ferreira Martins Guerreiro <<a href="mailto:guerrer@uni-duesseldorf.de">guerrer@uni-duesseldorf.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Makers list,<br>
<br>
<br>
I am struggling with Maker after many successful attempts. I don't <br>
understand why but my final .gff does not contain any genes, 0.<br>
<br>
I am running first an Evidence based modelling, with proteins only. Here <br>
I get around 40 thousand genes if I give the proteins as a fasta to <br>
align (if I provide a protein.gff from a previous maker try, I get 0 <br>
genes, same problem).<br>
<br>
Afterwards I'm creating a SNAP hmm and running maker again, turning <br>
protein2genome=0 and snaphmm=snap.hmm as you say, but now I have 0 <br>
genes. This happens either I keep providing proteins as a fasta or as <br>
.gff of a previous run.<br>
<br>
I have done this many times and it always worked. The only difference <br>
now is that I am using no ESTs whatsoever, only proteins. It's also <br>
strange that it works on the first round of maker but doesn't work on <br>
the SNAP rounds.<br>
<br>
<br>
Hope you can help,<br>
Ricardo_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>