<div dir="rtl"><div style="" dir="ltr">Hello,</div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">I am running MAKER 2.31.10 with a very simple configuration, with only EST evidence and the est2genome option enabled (basically a lift-over procedure).</div><div style="" dir="ltr">I noticed that some of my transcripts are not included in the annotation output and when I looked at the blastn results the reason was clear - they do not pass the coverage cutoff defined in maker_bopts.ctl. Interestingly, when I tried running blastn myself, using the same command (taken from the maker log) and the same blastn version, I got slightly different results. Specifically, for some of the transcripts the MAKER blastn run produced less HSPs than my blastn run, resulting in a lower total coverage. The additional HSPs seem to have good % identity and E-values, so I don't understand why and how they are discarded. Are the blastn results changed by MAKER in subsequent steps (after the blastn run)?</div><div style="" dir="ltr">Please find attached blastn results from MAKER run and from my run. You can look at transcript AT1G01740.3 as an example. in my.blastn, there are 8 HSPs, while MAKER.blastn only has 3 of them.</div><div style="" dir="ltr">Can you explain the difference? Maybe it has to do with repeat masking or other processing of the genome sequence?</div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">Just to make sure you have all the details:</div><div style="" dir="ltr">Relevant maker_bopts parameters:</div><div style="" dir="ltr">pcov_blastn=0.7 #Blastn Percent Coverage Threhold EST-Genome Alignments<br>pid_blastn=0.85 #Blastn Percent Identity Threshold EST-Genome Aligments<br>eval_blastn=1e-10 #Blastn eval cutoff<br>bit_blastn=40 #Blastn bit cutoff<br>depth_blastn=0 #Blastn depth cutoff (0 to disable cutoff)<br></div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">Blastn command:</div><div style="" dir="ltr">blastn -db /groups/itay_mayrose/nosnap/liorglic/Projects/PGCM/output/A_thaliana_pan_genome/PGC_de_novo/RESULT_RG_new/per_sample/col-0/liftover_SRR1945757/chunks/chunk00.fa/TMP/maker_sPf3Rf/TAIR10_longest_trans%2Efasta.mpi.10.0 -query /groups/itay_mayrose/nosnap/liorglic/Projects/PGCM/output/A_thaliana_pan_genome/PGC_de_novo/RESULT_RG_new/per_sample/col-0/liftover_SRR1945757/chunks/chunk00.fa/TMP/maker_sPf3Rf/0/chunk00.0 -num_alignments 10000 -num_descriptions 10000 -evalue 1e-10 -word_size 28 -reward 1 -penalty -5 -gapopen 5 -gapextend 5 -dbsize 1000 -searchsp 500000000 -num_threads 10 -lcase_masking -dust yes -soft_masking true -show_gis -out<br></div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">Thank you!</div></div>