<div dir="ltr">Luca - I would suggest PASA as a tool for 3'UTR (and 5'UTR) improvement in gene annotation too. <a href="https://github.com/PASApipeline/PASApipeline">https://github.com/PASApipeline/PASApipeline</a><div><br></div><div>Funannotate has a step that can be use to run and update gene models if you want to also take on from an existing maker run - <a href="https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/">https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/</a></div><div><br></div><div>Jason<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Jason Stajich<br><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" target="_blank">jason.stajich@gmail.com</a><br></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 19, 2020 at 1:33 AM Luca Peruzza <<a href="mailto:peruzzaluca@gmail.com">peruzzaluca@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi There,<br>
I have two questions and I hope you guys can help me with them:<br>
<br>
1. I have seen that maker version 3.01 is now out. Is there a change log available to see the changes in comparison to the previous maker version and have a glimpse of the new features of this release? <br>
<br>
2. If I was to improve the annotation of my 3’ UTRs within a certain (non-model species) gff3, is there a particular way or a protocol to follow? I was thinking for example that Lexogen has released their 3’ UTR kit for RNA-seq of the three prime end of transcripts. Would it be possible to feed those reads to maker and somehow suggest that the reads are originating from the three-prime end so that this info is then passed in the gff3 file?<br>
<br>
Thanks a lot in advance for your help <br>
Best<br>
Luca<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div>