<div dir="ltr"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">Hi maker developers</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">I'm using maker 2 to annotate a fish genome.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">When I try to provide rm_gff file, it always fails.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">Here is log:</p><div><br></div><div><br></div><div>collecting blastx repeatmasking<br>doing repeat masking<br>processing all repeats<br>deleted:0 hits<br>in cluster::shadow_cluster...<br>Died at /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Bio/Search/Hit/PhatHit/Base.pm line 188.<br>--> rank=23, hostname=hnode48<br>ERROR: Failed while processing all repeats<br>ERROR: Chunk failed at level:3, tier_type:1<br>FAILED CONTIG:chr_XXIII<br><br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:chr_XXIII<br></div><div><br></div><div>I use maker 2.3.10 with repeatmasker 4.0.9.</div><div>I saw someone got this error as well and I followed the solutions.<br></div><div>I  tried update to blast 2.9.0, rmblast 2.9.0,bioperl1.7.7 and also checked rm gff file with gff3 validator. But the error still existed.</div><div></div><div><br></div><div>Do you have any suggestions?</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your help.</div><div><br></div><div><br></div></div>