
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Thanks Jason,<div class="">Yes, my idea was to add extra 3’UTR info to an existing maker gff3 file. If you say that funannotate can do it, I’ll have a look.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks</div><div class="">Luca<br class=""><div class="">

<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 20 May 2020, at 01:29, Jason Stajich <<a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" class="">jason.stajich@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Luca - I would suggest PASA as a tool for 3'UTR (and 5'UTR) improvement in gene annotation too. <a href="https://github.com/PASApipeline/PASApipeline" class="">https://github.com/PASApipeline/PASApipeline</a><div class=""><br class=""></div><div class="">Funannotate has a step that can be use to run and update gene models if you want to also take on from an existing maker run - <a href="https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/" class="">https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Jason<br clear="all" class=""><div class=""><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class="">Jason Stajich<br class=""><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" target="_blank" class="">jason.stajich@gmail.com</a><br class=""></div></div></div><br class=""></div></div><br class=""><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 19, 2020 at 1:33 AM Luca Peruzza <<a href="mailto:peruzzaluca@gmail.com" class="">peruzzaluca@gmail.com</a>> wrote:<br class=""></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi There,<br class="">

I have two questions and I hope you guys can help me with them:<br class="">

<br class="">

1. I have seen that maker version 3.01 is now out. Is there a change log available to see the changes in comparison to the previous maker version and have a glimpse of the new features of this release? <br class="">

<br class="">

2. If I was to improve the annotation of my 3’ UTRs within a certain (non-model species) gff3, is there a particular way or a protocol to follow? I was thinking for example that Lexogen has released their 3’ UTR kit for RNA-seq of the three prime end of transcripts. Would it be possible to feed those reads to maker and somehow suggest that the reads are originating from the three-prime end so that this info is then passed in the gff3 file?<br class="">

<br class="">

Thanks a lot in advance for your help <br class="">

Best<br class="">

Luca<br class="">

<br class="">

<br class="">

_______________________________________________<br class="">

maker-devel mailing list<br class="">

<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank" class="">maker-devel@yandell-lab.org</a><br class="">

<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br class="">

</blockquote></div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>