
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">It is probably the formating of the models provided. There is something wrong with them. They must be match/match_part two level feature for rm_gff. You can send us the file, and I can take a look if it helps.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On May 5, 2020, at 2:41 PM, 祖尧刘 <<a href="mailto:zuyao.liu.0910@gmail.com" class="">zuyao.liu.0910@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Hi maker developer,</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">I'm using maker 2 to annotate a vertebrate genome.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">When I try to provide rm_gff file, it always fails.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Here is log:</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""></p><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Now starting the contig!!</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">SeqID: chr_XXII</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Length: 12689475</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">#---------------------------------------------------------------------</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">setting up GFF3 output and fasta chunks</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">doing repeat masking</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">MSG: Did not specify a Hit End or Hit Begin</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Error::throw</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Bio::Root::Root::throw /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/lib/site_perl/5.26.2/Bio/Root/Root.pm:449</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Bio::Search::HSP::GenericHSP::_subject_seq_feature /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/lib/site_perl/5.26.2/Bio/Search/HSP/GenericHSP.pm:1604</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Bio::Search::HSP::GenericHSP::hit /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/lib/site_perl/5.26.2/Bio/Search/HSP/GenericHSP.pm:988</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: repeat_mask_seq::separate_types /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/<a href="http://repeat_mask_seq.pm:307/" class="">repeat_mask_seq.pm:307</a></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: repeat_mask_seq::mask_chunk /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/<a href="http://repeat_mask_seq.pm:191/" class="">repeat_mask_seq.pm:191</a></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Process::MpiChunk::_go /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:763</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Process::MpiChunk::run /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:341</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Process::MpiChunk::run_all /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:357</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Process::MpiTiers::run_all /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: Process::MpiTiers::run_all /gpfs/homefs/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">STACK: /home/ubelix/iee/zl19g775/miniconda3/envs/maker/bin/maker:689</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">-----------------------------------------------------------</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">--> rank=NA, hostname=<a href="http://submit02.ubelix.unibe.ch/" class="">submit02.ubelix.unibe.ch</a></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">ERROR: Failed while doing repeat masking</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">FAILED CONTIG:chr_XXII</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">FAILED CONTIG:chr_XXII</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">examining contents of the fasta file and run log</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">I also searched the google group and tried update my bioperl to 1.7.7 the latest version, but it didn't help.</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Could you please help me?</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Thanks a lot.</div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;" class="">Zuyao</div></div>

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