
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div>2. If I was to improve the annotation of my 3’ UTRs within a certain (non-model species) gff3, is there a particular way or a protocol to follow? I was thinking for example that Lexogen has released their 3’ UTR kit for RNA-seq of the three prime end of transcripts. Would it be possible to feed those reads to maker and somehow suggest that the reads are originating from the three-prime end so that this info is then passed in the gff3 file?</div></blockquote><div class=""><br class=""></div><br class=""><div class="">You could pass final models back in as predicted_gff (no UTR on the models), then pass in just the evidence you want as UTR as est_gff (would have to be assembled and not as individual reads). As long as the overlap the pred_gff models, MAKER would try and make UTR out of them. Might be worth an experiment.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div></body></html>