<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am using MAKER3 to generate annotation for Saccharomyces cerevisiae. In round1 I used assembled transcripts and the run was completed successfully. In the next round, I supplied gene models trained using SNAP. I keep getting an error that cites a problem with line 540 at <a href="http://snap.pm">snap.pm</a>. </div><div><br></div><div>





<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Can't locate object method "add_entry" via package "1" (perhaps you forgot to load "1"?) at /project/software/7/apps/maker3/3.01.03/bin/../lib/Widget/<a href="http://snap.pm">snap.pm</a> line 540.</span></p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">--> rank=15, hostname=ceres14-compute-54.scinet.local</span></p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: Failed while annotating transcripts</span></p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:4</span></p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">FAILED CONTIG:II</span></p></div><div><br></div><div>The problem is somewhat similar to the one discussed in <a href="http://yandell-lab.org/pipermail/maker-devel_yandell-lab.org/2018-January/003150.html">http://yandell-lab.org/pipermail/maker-devel_yandell-lab.org/2018-January/003150.html</a>. I have attached the error file. I have tried executing the same previously but the run did not complete and the job was killed. I was inspecting the run closely and I found that MAKER3 stopped writing to the .error file after a few minutes. I am including the portion that was written to the .error file. I have attached the relevant files. </div><div><br></div><div>Could you please look into this? </div><div><br></div><div>Thank you.<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="garamond, serif" size="2">Sagnik Banerjee</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Graduate Research Assistant</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Bioinformatics and Computational Biology</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Department of Statistics</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Dr. Carson Andorf's Lab</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Agricultural Research Service (ARS) Research Participation Program</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">Oak Ridge Institute for Science and Education (ORISE)</font></div><div><font face="garamond, serif" size="2">437, Bessey Hall</font></div><div><span style="font-family:garamond,serif"><font size="2">Iowa State University</font></span><br></div><div><font face="garamond, serif" size="4"><br></font></div><div><div><i><font face="garamond, serif" size="2">"The moment I have realized God sitting in the temple of every human body, the moment I stand in reverence before every human being and see God in him - that moment I am free from bondage, everything that binds vanishes, and I am free" - <b>Swami Vivekananda</b></font></i></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div hspace="streak-pt-mark" style="max-height:1px"><img alt="" style="width:0px;max-height:0px;overflow:hidden" src="https://mailfoogae.appspot.com/t?sender=ac2FnbmlrQGlhc3RhdGUuZWR1&type=zerocontent&guid=016c49e5-9947-4ba1-9371-711749d5c313"><font color="#ffffff" size="1">ᐧ</font></div>