<div><div dir="auto">Thanks Carson</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Please how do I assemble the match-part on the match parent? Any special instruction on the maker control file?</div><div dir="auto"><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 21 Aug 2020 at 6:09 PM, Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">If you just want a count you can grep for match with tabs at either side —> grep -P “\tmatch\t” file.gff<br><div><br></div><div>If you want the model, you need to assemble the match parts onto the match parent.</div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"><div>On Jul 26, 2020, at 11:31 PM, Emmanuel Nnadi <<a href="mailto:eennadi@gmail.com" target="_blank">eennadi@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Hello,</span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">I am annotating my genome using SNAP after running SNAP twice my GFF has quite a number of </span><span style="font-family:-webkit-standard;font-size:12px">match_part. How can I get an actual match?</span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-family:-webkit-standard;font-size:12px"><br></span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-family:-webkit-standard;font-size:12px"><br></span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ilon_pilon:hit:2447078:4.5.0.0;Target=snap_masked-contig_844_pilon_pilon_pilon-abinit-gene-0.1-mRNA-1 890 1003 +;Gap=M114</span></div><div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">contig_844_pilon_pilon_pilon    snap_masked     match_part      66719   66729   8.644   +       .       ID=contig_844_pilon_pilon_pilon:hsp:2866471:4.5.0.0;Parent=contig_844_pilon_pilon_pilon:hit:2447078:4.5.0.0;Target=snap_masked-contig_844_pilon_pilon_pilon-abinit-gene-0.1-mRNA-1 1004 1014 +;Gap=M11</span></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Nnadi Nnaemeka Emmanuel,Ph.D<div>Department of Microbiology,</div><div>Faculty of Natural and Applied Science,</div><div>Plateau State University, Bokkos, Plateau State, Nigeria.</div><div>+2348068124819</div><div>Publications: </div><div> <a href="https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications" target="_blank">https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br><br></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Nnadi Nnaemeka Emmanuel,Ph.D<br>Department of Microbiology,<br>Faculty of Natural and Applied Science,<br>Plateau State University, Bokkos, Plateau State, Nigeria.<br>+2348068124819<br>Publications: <br> <a href="https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications">https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications</a><br></div>