<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

</div>

Hi!

<div><br>

</div>

<div>I have been using maker to annotate an eukaryote genome. Since the genome was big (~3Gb), I divided it into 10 chunks with fasta_utils and run maker on each separately. After that, I used gff3_merge and fasta_merge to produce output for each of the chunks.

 Then I tried using these same tools for merging the different outputs into one, and while gff3_merge ran as expected, fasta_merge did not. I used the following command:</div>

<div><br>

</div>

<div>fasta_merge -o maker.all.proteins.fasta -i maker.chunk-00.proteins.fasta maker.chunk-01.proteins.fasta  maker.chunk-02.proteins.fasta  maker.chunk-03.proteins.fasta  maker.chunk-04.proteins.fasta maker.chunk-05.proteins.fasta  maker.chunk-06.proteins.fasta

  maker.chunk-07.proteins.fasta maker.chunk-08.proteins.fasta  maker.chunk-09.proteins.fasta</div>

<div><br>

</div>

<div>But instead of running it just showed me the help page. I tried just running two of them, but that didn’t help either.</div>

<div><br>

</div>

<div>Any help will be much appreciated!</div>

<div><br>

</div>

Maria Jose Gomez

<div>

<div id="Signature">

<div>

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>