<div dir="ltr"><div dir="ltr">I ran my annotation using ESTs from NCBI and transcriptome data and Swiss-prot data. I used SNAP trained twice after which Augustus was trained once.<div><br></div><div>I tried to submit the annotated genome to NCBI but have some problems I have not experienced before and do not know how to solve.</div><div><br></div><div>Some of the CDS features have invalid translations. Every CDS feature should have a valid start and stop codon, and should not have any internal stops.  The only exception is if the CDS is partial at the end of a sequence or at an intron/exon boundary.  If the CDS is partial, it must have the appropriate partial symbols.  <br><br>If a CDS feature does not have a valid translation (for example if there is a frameshift), please remove the CDS feature and annotate this with a single gene feature across the entire span.  Include a note on the gene with a brief description.  For example:<br><br>1       200     gene<br>                        gene    phoA<br>                        gene_desc       alkaline phosphatase<br>                        locus_tag     OBB_0001<br>                        note    nonfunctional due to frameshift<br><br>[3] There are 1075 gene features that are not associated with<br>any other features (CDS, rRNA, etc.) and are not labelled as<br>pseudogenes or as nonfunctional genes.  Did you lose some of<br>the annotation you intended to include.<br></div><div><br></div><div>Please how can this be solved?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Nnadi Nnaemeka Emmanuel,Ph.D<div>Department of Microbiology,</div><div>Faculty of Natural and Applied Science,</div><div>Plateau State University, Bokkos, Plateau State, Nigeria.</div><div>+2348068124819</div><div>Publications: </div><div> <a href="https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications" target="_blank">https://www.researchgate.net/profile/Emmanuel_Nnadi/publications</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div>