<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am having an issue running MAKER and am hoping to get some troubleshooting guidance. I am running MAKER v. 2.31.10 on a Unix cluster using a Singularity image with BLAST v. 2.9.0+ and Exonerate v. 3.3.2. I am running MAKER with the following command options: "-fix_nucleotides -nodatastore -RM_off". I am providing assembled transcripts from the target species (est) and a close relative (alt-est) and proteins from several species within the same general clade (Squamata). Gene models are being derived from Augustus with est2genome and protein2genome turned off. I have largely successfully run MAKER on a couple of genomes from the same vertebrate genus, but have this lingering problem with a single scaffold from one of the genomes. If it were pretty short, I'd just ignore it, but it is 2 Mb, so I do not want to miss out on annotating it.</div><div><br></div><div>When I ran MAKER on the entire genome, it finished properly except for this problematic scaffold. So I separated that scaffold out and tried running it alone with otherwise the same settings. Each time, it appears I get the same error during the 1st try when MAKER runs.</div><div></div><div class="markdown-here-wrapper" style=""><pre style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;font-size:1em;line-height:1.2em;margin:1.2em 0px"><code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;padding:0px 0.3em;white-space:pre-wrap;border:1px solid rgb(234,234,234);background-color:rgb(248,248,248);border-radius:3px;display:inline;white-space:pre;overflow:auto;border-radius:3px;border:1px solid rgb(204,204,204);padding:0.5em 0.7em;display:block!important">ERROR: TBLASTX does not appear to be finished in Widget::tblastx::keepers
--> rank=23, hostname=<a href="http://holy7c18405.rc.fas.harvard.edu">holy7c18405.rc.fas.harvard.edu</a>
--> rank=23, hostname=<a href="http://holy7c18405.rc.fas.harvard.edu">holy7c18405.rc.fas.harvard.edu</a>
--> rank=23, hostname=<a href="http://holy7c18405.rc.fas.harvard.edu">holy7c18405.rc.fas.harvard.edu</a>
--> rank=23, hostname=<a href="http://holy7c18405.rc.fas.harvard.edu">holy7c18405.rc.fas.harvard.edu</a>
ERROR: Failed while doing tblastx of alt-ESTs
ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:3
FAILED CONTIG:scaffold_77

ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0
FAILED CONTIG:scaffold_77
</code></pre><div title="MDH:PGRpdj5gYGA8L2Rpdj48ZGl2PkVSUk9SOiBUQkxBU1RYIGRvZXMgbm90IGFwcGVhciB0byBiZSBm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" style="height:0;width:0;max-height:0;max-width:0;overflow:hidden;font-size:0em;padding:0;margin:0"></div></div><div>Then MAKER keeps retrying and apparently hitting the same problem. I checked the logs the best I can and see the following issue within run.log.child.0 for that scaffold.</div><div></div><div class="markdown-here-wrapper" style=""><pre style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;font-size:1em;line-height:1.2em;margin:1.2em 0px"><code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;padding:0px 0.3em;white-space:pre-wrap;border:1px solid rgb(234,234,234);background-color:rgb(248,248,248);border-radius:3px;display:inline;white-space:pre;overflow:auto;border-radius:3px;border:1px solid rgb(204,204,204);padding:0.5em 0.7em;display:block!important">STARTED lerBou1_maker_rnd2.maker.output/lerBou1_maker_rnd2_datastore/scaffold_77/theVoid.scaffold_77/0/scaffold_77.0.lerEdw1_Trinity_combined_denovo_refguided%2Ecdhit%2Efasta.tblastx
DIED    RANK    17:4:0:0
DIED    COUNT   7
</code></pre><div title="MDH:PGRpdj5gYGA8L2Rpdj48ZGl2PlNUQVJURUQgbGVyQm91MV9tYWtlcl9ybmQyLm1ha2VyLm91dHB1
dC9sZXJCb3UxX21ha2VyX3JuZDJfZGF0YXN0b3JlL3NjYWZmb2xkXzc3L3RoZVZvaWQuc2NhZmZv
bGRfNzcvMC9zY2FmZm9sZF83Ny4wLmxlckVkdzFfVHJpbml0eV9jb21iaW5lZF9kZW5vdm9fcmVm
Z3VpZGVkJTJFY2RoaXQlMkVmYXN0YS50Ymxhc3R4PGJyPkRJRUQgJm5ic3A7ICZuYnNwO1JBTksg
Jm5ic3A7ICZuYnNwOzE3OjQ6MDowPGJyPkRJRUQgJm5ic3A7ICZuYnNwO0NPVU5UICZuYnNwOyA3
PGJyPjwvZGl2PjxkaXY+YGBgPC9kaXY+" style="height:0;width:0;max-height:0;max-width:0;overflow:hidden;font-size:0em;padding:0;margin:0"></div></div><div>This output file noted there is not present to check, which must stem from whatever issue there is.</div><div><br></div><div>I'm not sure what to do next about this issue and see no obvious information about what the problem is besides failure of tblastx to run. Any help that anyone can provide is greatly appreciated.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Daren Card</div><div><br></div><div>NSF Postdoctoral Fellow</div><div>Harvard University</div><div><br></div></div>