<div dir="ltr"><span style="color:rgba(0,0,0,0.87);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px">Hi MAKER community</span> :<div>I have questions about MAKER output files.I get result from <span><i>ab initio</i> gene predictors which use snap and augustus by maker,and after </span>fasta_merge step,there are some fasta files as:</div><div>result.maker.augustus_masked.proteins.fasta<br>

result.maker.augustus_masked.transcripts.fasta<br>

result.maker.augustus.proteins.fasta<br>

result.maker.augustus.transcripts.fasta<br>

result.maker.non_overlapping_ab_initio.proteins.fasta<br>

result.maker.non_overlapping_ab_initio.transcripts.fasta</div><div>result.maker.snap.proteins.fasta</div><div>

result.maker.snap_masked..transcripts.fasta </div><div><div>result.maker.snap_masked..proteins.fasta</div><div>

result.maker.snap.transcripts.fasta </div>

result.maker.proteins.fasta<br>

result.maker.transcripts.fasta<br></div><div>if i continue to analysis the fasta files,which fasta should i choose?</div><div>because i choose <i>ab initio</i> gene predictors,so the  

result

.maker.non_overlapping_ab_initio*fasta can be uesed into the downstream analysis？or the 

result.maker.proteins.fasta

</div><div>Thanks verymuch for any help or insights<br></div></div>