<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgba(0,0,0,0.87);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px">Dear all,</span><br></div><div><span style="color:rgba(0,0,0,0.87);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px"><br></span></div><div><span style="color:rgba(0,0,0,0.87);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px">as reported in the subject I'm having issues with locking mechanism of MAKER when it is runs in parallel-mode through mpi.</span></div><div><span style="color:rgba(0,0,0,0.87);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px">I'm using maker version </span><font color="rgba(0, 0, 0, 0.870588235294118)" face="Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif"><span style="font-size:14px">3.01.03 but the same happens in my system when I build and install version </span></font><font color="#a00029" face="Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif"><span style="font-size:14px">2.31.11.</span></font></div><div><font color="#a00029" face="Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif"><span style="font-size:14px">All prerequisites were installed in a conda environment. Perl was installed from anaconda channel in version 5.26.2. Hard-coded paths to the compilers were fixed. Necessary perl modules were installed via cpanm:</span><br><br><div><div><span style="font-size:14px">"DBD::SQLite",</span></div><div><span style="font-size:14px">"DBI",</span></div><div><span style="font-size:14px">"Error",</span></div><div><span style="font-size:14px">"Error::Simple",</span></div><div><span style="font-size:14px">"File::NFSLock",</span></div><div><span style="font-size:14px">"File::Which",</span></div><div><span style="font-size:14px">"forks",</span></div><div><span style="font-size:14px">"forks::shared",</span></div><div><span style="font-size:14px">"Inline",</span></div><div><span style="font-size:14px">"Inline::C",</span></div><div><span style="font-size:14px">"IO::All",</span></div><div><span style="font-size:14px">"IO::Prompt",</span></div><div><span style="font-size:14px">"LWP::Simple"</span></div><div><span style="font-size:14px">"Perl::Unsafe::Signals",</span></div><div><span style="font-size:14px">"PerlIO::gzip",</span></div><div><span style="font-size:14px">"Proc::Simple",</span></div><div><span style="font-size:14px">"URI::Escape",</span></div><div><span style="font-size:14px">"DBD::Pg"</span></div></div></font><font color="#a00029" face="Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif"><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px">additional libraries and components were installed via conda</div><div style="font-size:14px"><br></div><div><div style="font-size:14px">  - gcc_linux-64=7.3.0</div><div style="font-size:14px">  - gxx_linux-64=7.3.0</div><div style="font-size:14px">  - openmpi=4.1.0</div><div style="font-size:14px">  - zlib=1.2.11</div><div style="font-size:14px">  - libdb=6.1.26</div><div style="font-size:14px">  - expat=2.2.9</div><div style="font-size:14px">  - libxml2=2.9.10</div><div style="font-size:14px">  - exonerate=2.4.0</div><div style="font-size:14px">  - snoscan=1.0</div><div style="font-size:14px">  - rapsearch=2.24</div><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px">other components were installed manually. MAKER compile and install with no errors, but when I execute the program via MPI with:</div><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px"># to devoid <span style="font-weight:bold;font-size:small">OPEN MPI segmentation fault</span></div><div><div><span style="font-size:14px">export THREADS_DAEMON_MODEL=1</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">mpiexec -mca btl ^openib -n 1 \</span></div><div><span style="font-size:14px">maker \</span></div><div><span style="font-size:14px">-force \</span></div><div><span style="font-size:14px">-cpus 8 \</span></div><div><span style="font-size:14px">--fix_nucleotides \</span></div><div><span style="font-size:14px">maker_opts.ctl \</span></div><div><span style="font-size:14px">maker_bopts.ctl \</span></div><div><span style="font-size:14px">maker_exe.ctl</span></div></div><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px">It always ends up with following error:</div><div style="font-size:14px"><br></div><div style="font-size:14px"><br></div><div><div><span style="font-size:14px">STATUS: Parsing control files...</span></div><div><span style="font-size:14px">ERROR: The directory is locked.  Perhaps by an instance of MAKER.</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">--> rank=NA, hostname=<a href="http://april.corp.igatechnology.com">april.corp.igatechnology.com</a></span></div><div><span style="font-size:14px">--------------------------------------------------------------------------</span></div><div><span style="font-size:14px">Primary job  terminated normally, but 1 process returned</span></div><div><span style="font-size:14px">a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.</span></div><div><span style="font-size:14px">--------------------------------------------------------------------------</span></div><div><span style="font-size:14px">--------------------------------------------------------------------------</span></div><div><span style="font-size:14px">mpiexec detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing</span></div><div><span style="font-size:14px">the job to be terminated. The first process to do so was:</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">  Process name: [[19321,1],0]</span></div><div><span style="font-size:14px">  Exit code:    10</span></div><div><span style="font-size:14px">--------------------------------------------------------------------------</span></div></div><div style="font-size:14px"><br></div></div><div style="font-size:14px">if I look inside *.maker.output directory a lock file remains: </div><div style="font-size:14px"><br></div><div><span style="font-size:14px">.NFSLock.gi_lock.NFSLock</span><br></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">If instead I run maker with the -nolock flag. MAKER runs with no problems at all.</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">My filesystem is oneFS from ISILON, exported to a virtual server through nfs4 protocol.</span></div><div><span style="font-size:14px">By looking at the code MAKER uses File::NFSLock Perl module for locking. This module fails some tests when installed on my system with cipanm:</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><div><span style="font-size:14px">#   Failed test at t/300_bl_sh.t line 115.</span></div><div><span style="font-size:14px">Shared locks not running simultaneously at t/300_bl_sh.t line 116, <$rd3> line 18.</span></div><div><span style="font-size:14px"># Looks like your test exited with 4 just after 27.</span></div><div><span style="font-size:14px">t/300_bl_sh.t ..... Dubious, test returned 4 (wstat 1024, 0x400)</span></div><div><span style="font-size:14px">Failed 47/73 subtests</span></div><div><span style="font-size:14px">t/400_kill.t ...... ok</span></div><div><span style="font-size:14px">t/410_die.t ....... ok</span></div><div><span style="font-size:14px">t/420_crash.t ..... ok</span></div><div><span style="font-size:14px">t/430_taint.t ..... ok</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">Test Summary Report</span></div><div><span style="font-size:14px">-------------------</span></div><div><span style="font-size:14px">t/300_bl_sh.t   (Wstat: 1024 Tests: 27 Failed: 1)</span></div><div><span style="font-size:14px">  Failed test:  27</span></div><div><span style="font-size:14px">  Non-zero exit status: 4</span></div><div><span style="font-size:14px">  Parse errors: Bad plan.  You planned 73 tests but ran 27.</span></div></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">But anyway I was able to install it with --notest flag.</span><br></div><div><span style="font-size:14px">Do you have any idea on how I can overcome my problem and have MAKER run in parallel with MPI?</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">Thanks in advance,</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div style="font-size:14px"><br></div></font></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>---</div><div>Michele Vidotto<br>mailto: <a href="mailto:michele.vidotto@studenti.unipd.it" target="_blank">michele.vidotto@gmail.com</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>