<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi maker-devel group,<div><br></div><div>I used the maker with SNAP and Augustus for annotating a green algae genome. I always set the 'always_complete=1'  from the first round of annotation.</div><div><br></div><div>After Augustus training, I still get around 1111 and 208 genes that don't have the correct start and stop codon. (Total annotated gene number is 12696)</div><div><br></div><div>I provided the close species proteome and the green algae its own RNA-seq data for EST hint.</div><div><br></div><div>Does that make sense? Does there have any way to improve the result or fix the incorrect start and stop codon for those gene?</div><div><br></div><div>best,</div><div>Chai-Wei Liao</div></div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><font face="arial, sans-serif">--------------------------------------------------</font></p><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><font face="arial, sans-serif">Chia-Wei Liao 廖家緯</font></p><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><font face="arial, sans-serif">Research Assistant</font></p><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><font face="arial, sans-serif">Institute of Molecular Biology,<u></u><u></u></font></p><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:black;background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><font face="arial, sans-serif">Academia Sinica, Taipei City, Taiwan<u></u><u></u></font></span></p><p class="MsoNormal" style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:black;background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><font face="arial, sans-serif">Phone: 886-2-2789-9216 (Lab)</font></span></p></div></div></div></div>