<div dir="ltr">Dear Developers,<br><br>I've researched all available forums and tried to resolve this recurring error in maker: <br><br>processing all repeats<br>in cluster::shadow_cluster...<br>Died at /home/user/bin/maker/bin/../lib/Bio/Search/Hit/PhatHit/Base.pm line 188.<br>--> rank=19, hostname=m30g4<br>ERROR: Failed while processing all repeats<br>ERROR: Chunk failed at level:3, tier_type:1<br><br>So far, I have tried: reformatting my gff file including purify script from Carson, Daren Card's script, and agat; uninstalled and reinstalled ncbi-blast+ and updated path; reinstated RMBlast path in repeatmasker; changed max_dna_length to 300000; set clean_try=1; replaced RepeatMasker.pm.<br><br><div>However, none of the above helped get rid of the issue. I cannot see what is wrong with my gff. Can you please help?<br></div><div><br></div><div>thank you.<br></div></div>