<div dir="ltr">Hi <div><br></div><div>The BUSCO statistics obtained from my genome seems to be decent with 97.3% completeness (-m geno). I am having problems generating genome annotation sets that show comparable BUSCO completeness (-m prot). Currently, completeness is around 88%, and iterative MAKER annotation is not significantly increasing this value. </div><div><br></div><div>I started with prot2genome and cdn2genome alignments. I then trained AUGUSTUS with BUSCO gene sets and SNAP with the predicted gene models with good quality, and ran MAKER without prot/cdn2genome. The third run was with newly trained AUGUSTUS and SNAP, which only increased the BUSCO completeness by 2%. I imagined that single copy orthologs would be well supported by evidence and may be relatively easy to predict as well. I wasn't quite sure what is happening. Would you have any advice?</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div>Kyungyong</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div></div>