<div dir="ltr"><p style="box-sizing:inherit;margin:0px 0px 1em;line-height:1.4285em;color:rgb(51,51,51);font-family:sans-serif;font-size:14px">Hello,</p><p style="box-sizing:inherit;margin:0px 0px 1em;line-height:1.4285em;color:rgb(51,51,51);font-family:sans-serif;font-size:14px">I have annotated several genomes using the Maker2 pipeline with the goal of estimating dN/dS ratios for many genes. </p><p style="box-sizing:inherit;margin:0px 0px 1em;line-height:1.4285em;color:rgb(51,51,51);font-family:sans-serif;font-size:14px">I have been using the <code class="gmail-language-bash" style="box-sizing:inherit;font-family:Consolas,Monaco,"Andale Mono","Ubuntu Mono",monospace;font-size:1em;color:black;background:rgb(245,242,240);word-spacing:normal;word-break:normal;line-height:1.5;padding:0.1em;border-radius:0.3em">fasta_merge</code> script to extract the coding sequences, but I just noticed that the nucleotide sequences that it outputs (in *.all.maker.transcripts.fasta) sometimes include the 5' and 3' UTRs and they are not always in the correct reading frame. Is there a way to output CDS sequences in-frame and without UTRs (eg. so that the contents of *.all.maker.transcripts.fasta could be directly translated to the *.all.maker.proteins.fasta output by <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Consolas,Monaco,"Andale Mono","Ubuntu Mono",monospace;background-color:rgb(245,242,240)">fasta_merge</span>)?</p><p style="box-sizing:inherit;margin:0px;line-height:1.4285em;color:rgb(51,51,51);font-family:sans-serif;font-size:14px">Thank you for this great program!</p></div>