<div dir="ltr">Hello,<br clear="all"><div><br></div><div>I am working on annotating several different assemblies, but I am having difficulty getting a reasonable number of predicted genes/proteins. My annotations always predict way too few genes (thousands too few) in the final transcript/protein fasta files. So, I am seeking help.</div><div><br></div><div>My approach is to annotate with EST evidence from the same species (either straight from transcriptome assemblers or predicted coding regions from TransDecoder) and use protein evidence from uniprot + related species. Simple repeats are softmasked within Maker. All repeats are masked in Maker, and I am supplying a repeat library that includes lineage-specific repeats as well as species specific repeats that are modeled by RepeatModeler2. I am using Maker version 3.01.03. <br><br>I'm attaching my options control file. Any help to troubleshoot this would be greatly appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks,<br>Adam</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Adam Stuckert</div><div><br></div></div></div></div>