<div dir="auto">After you run the gff3_merge step you can </div><div dir="auto">grep augustus final.gff > augustus.gff3 </div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Nov 23, 2022 at 8:02 AM Alam,Elissar <<a href="mailto:elissaralam@ufl.edu">elissaralam@ufl.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204)">





<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_-6391231022703135771WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I ran Augustus and SNAP as part of the MAKER2 gene annotation pipeline. I would like to use the gene predictions generated by Augustus (prior to MAKER selecting the final gene model based on all ab initio predictions) for downstream analyses.
 Is there a way to obtain the Augustus gene predictions in gff3 format from MAKER2?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks a million,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Elissar<u></u><u></u></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Jason Stajich<br><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" target="_blank">jason.stajich@gmail.com</a><br></div></div>