<div dir="ltr">Hi Annabel,<div><br></div><div>I would run RM by specifying your (group of) species, using the -s option of Repeat Masker, mostly if you have a custom de novo library. This will limit the cross masking of repeats that have been identified in other species.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Aurelie</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 30 March 2017 at 11:51, Annabel Beichman <span dir="ltr"><<a href="mailto:annabel.beichman@gmail.com" target="_blank">annabel.beichman@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Carson,<br>
I have a question about RepeatMasker within Maker —<br>
I am finding that all class II olfactory receptors (families like OR2, OR5) are being masked by RepeatMasker as “RTE-BovB” repeats. This leads to them not being annotated by Maker. I don’t expect my species (a mustelid) to have a large number of Bov-B repeats, and when I put the sequences annotated in my genome as RTE-BovB into repbase’s CENSOR only 13 out of 960 sequences have a hit to anything in repbase. If I put those same sequences into NCBI blast, however, they all blast to olfactory receptors. I am finding the same pattern with another related mustelid de novo genome, and took the Ensembl ferret genome and ran it through the same pipeline and am finding a large number of Bov-B repeats there as well, despite there being none in the official annotation of that genome.<br>
<br>
I used RepeatMasker with all species libraries, plus a custom library from RepeatModeler.<br>
<br>
Any idea what might be going on?<br>
<br>
Thanks so much!<br>
<br>
~ Annabel<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>