
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>

</head>

<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hello,<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>I have a straightforward question, but I can't seem to find the answer anywhere. Is it possible to specify a species/clade for Dfam masking using the model_org option in the *maker_opts.ctl file? The comment on this option says "select a model organism for

<strong>RepBase </strong>masking in RepeatMasker."<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>As an example, I currently have RepeatMasker configured to use Dfam. It works fine when I run RepeatMasker on its own with a command like this.<br>

</p>

<p><br>

</p>

<div>RepeatMasker -gff -species <span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">

Arthropoda</span> -dir ./RMask_dir<br>

</div>

<p><br>

</p>

<p>However, when I specify "model_org=Arthropoda" in the maker_opts.ctl file, I get a message "ERROR: Could not determine if RepBase is installed" <br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>I am using RepeatMasker v.4.1.1 and Maker v.3.01.03.<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks,<br>

</p>

<p>Dan<br>

</p>

<p><br>

</p>

<div id="Signature">

<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">

<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#808080">--</font></span></div>

<div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#808080">Dan MacGuigan, PhD<br>

</font></span></div>

<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#808080">he-him-his</font></span></div>

<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#808080">Postdoctoral Fellow</font></span></div>

<div><span style="background-color:rgb(255,255,255); color:rgb(128,128,128)">Department of Biological Sciences</span></div>

<div><span style="background-color:rgb(255,255,255); color:rgb(128,128,128)">University at Buffalo</span></div>

<div dir="ltr">

<div><span style="color:rgb(128,128,128); background-color:rgb(255,255,255)">@DMacGuig</span></div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>